生物柴油燃料一般利用大豆和菜籽等植物油提炼，然后混入汽油用于柴油车。由于植物在生长过程中吸收二氧化碳，即使燃烧时放出二氧化碳，也不会导致二氧化碳净增加，与化石燃料相比，能够降低环境负荷。
日本公司提炼生物柴油燃料采用的原料是生产作为汽油替代品的生物乙醇时产生的副产物。这些副产物以往一般用作饲料或废弃。以往这种低品质原料的杂质很多，因此面临难以提炼生物柴油燃料的难题。这家公司开发了有效利用特殊催化剂去除杂质的技术，进而获得了高品质生物柴油燃料。
目前生物燃料原料的大部分为食用大豆油。不但成本高昂，且一旦扩大燃料生产就会导致谷物行情暴涨，有可能加剧发展中国家的粮食短缺。